Unika Atma Jaya merupakan buah gagasan yang dibahas pada rapat para Uskup se-Jawa pada Juni 1952. Dalam pertemuan itu diutarakan kemungkinan pembentukan suatu perguruan tinggi Katolik di Indonesia. Di Jakarta gagasan itu terwujud sejak didirikannya Yayasan Atma Jaya oleh sekelompok cendekiawan muda Katolik pada tanggal 1 Juni 1960. Yayasan inilah yang kemudian mendirikan sebuah perguruan tinggi Katolik dengan nama Universitas Katolik Indonesia Atma Jaya. Mereka antara lain: Ir. J.P. Cho, Ir. Lo Siang Hien-Ginting, Drs. Goei Tjong Tik, I.J. Kasimo, J.B. Legiman, S.H., Drs. F.X. Seda, Pang Lay Kim, Tan Bian Seng, Anton M. Moeliono, St. Munadjat Danusaputro, J.E. Tan, Ben Mang-Reng Say.

Universitas mempunyai visi menjadi perguruan tinggi terkemuka yang memiliki keunggulan akademik dan professional di tingkat nasional dan internasional yang secara konsisten mewujudkan perpaduan antara

1. Menyelenggarakan pendidikan akademik dan profesi untuk pengembangan ilmu, profesionalisme, dan karakter peserta didik.
2. Menyelenggarakan penelitian dasar dan terapan untuk kemajuan ilmu pengetah